日本の鉄道は、複数の鉄道会社の路線が複雑に張り巡らされています。そのため、都市部では特に「目的地までの切符を都度買う」スタイルだと、どの切符を買ってよいのか分かりにくいこともあります。
そこでおすすめしたいのが交通系ICカード（各公共交通機関の路線で切符代わりに利用できるカード）。事前に金額をチャージしたカードを改札機にタッチして支払うもので、万が一残高が足りなくても改札を出る前に、精算機でチャージや精算ができます。「Suica（JR東日本）」「PASMO（東京メトロほか）」「ICOCA（JR西日本）」など交通機関により色々な種類がありますが、どのカードもほとんどの鉄道会社の路線で共通して使うことが可能です。また、「電子マネー機能」も付いているので、駅の売店や一部のコンビ二で買い物をするときの決済手段として使うこともできます。
都市部の主要駅の自動券売機や窓口で買うことができます（Suicaの場合は1,000円※500円のデポジット含む）。カードが不要になったら、チャージ分を使い切って窓口へ返却を。デポジット分のお金（Suicaの場合は500円）が戻ってきます。

日本、特に都市圏の電車は「整列乗車」が基本です。ホームの地面には、電車が停車した際ドアがくる位置に「○号車乗車口」といった停車位置の印が付けられています。電車を待つ人はその印に沿って列をつくり、順番に乗り込むのです。ホームに列ができていたら、横から割り込まず、列の最後尾につきましょう。
なお、基本的に電車は降りる人が優先です。まだ乗客が降りきっていないうちに、乗り込もうとすることは控えましょう。

写真手前の客の足元に書かれた緑のラインが「乗車口」の印。

通勤時間帯の電車は、特に都市圏においては非常に混雑しています。定員の二倍以上もの乗客が乗り込んでいる路線もあるほどです。車内では他の乗客と密着し、身動きが取れないこともしばしば。乗り慣れていないと、降りたい駅で降りられないことも珍しくありません。
普段慣れている日本人でも苦痛な状況ですから、旅行者にとってはなおさら。なにより、バックパックやスーツケースなど、大きな荷物は迷惑になってしまう可能性が高いでしょう。ビジネスマンが出勤することの多い7:00 am～9:00 am、帰宅することの多い5:00 pm～7:00 pm頃の電車、残業や飲み会で遅くなった人が集中する最終電車（路線によるが11:00 pm～12:00 am）での移動はなるべく避けたほうがよいでしょう。